Trudno jest dowieść skąd wzięła się nazwa Czerniejewa. Według etnografów nazwa pochodzi od nazwiska założyciela osady - legendarnego kmiecia Czyrnia, stąd Czyrniejewo, które później przeobraziło się w Czerniejewo. Przekazy ludowe natomiast wiążą ją z krzewami głogu, zwanego cierniem. Osada powstała w miejscu, gdzie bujnie krzewiły się ciernie. Więc najpierw było Cierniejewo, przemianowane później na Czerniejewo. Obie wersje są prawdopodobne.

Czerniejewo należy do starszych miejscowości Wielkopolski i bez wątpienia odgrywało jakąś rolę w państwie pierwszych Piastów. Według nieudokumentowanych tradycji stanowiło osadę targową z XI wieku, leżącą przy dawnej drodze z Giecza do Gniezna. Najprawdopodobniej pod koniec tego stulecia Władysław Herman nakazał wybudować w niej kościół.

Pierwsza jednak historyczna wzmianka o Czerniejewie znalazła się dopiero w dokumencie Przemysława II z 1284 r. Do drugiej połowy XIV w. Czerniejewo było królewszczyzną czyli własnością króla, a w ręce prywatne przeszło w 1386 r. na mocy nadania osady wraz z przyległościami wojewodzie Sędziwojowi Pałuce z Szubina przez Władysława Jagiełłę. Od tego czasu aż do wybuchu ostatniej wojny w 1939 r. Czerniejewo było własnością magnaterii polskiej. Po Pałukach właścicielami Czerniejewa byli przedstawiciele różnych rodów, m.in. Górkowie, Czarnkowscy, Radomiccy, Lipscy i Skórzewscy. Ci ostatni od 1825r. do września 1939 r. Prawa miejskie uzyskało Czerniejewo w 1386 r. Z tamtych czasów pochodzi herb miasta, przedstawiający na czerwonym tle białą wieżę forteczną. W 1458 r. Czerniejewo dostarczyło czterech zbrojnych na wyprawę przeciwko krzyżakom. W 1581 r. Stefan Batory nadał miastu przywilej organizowania w nim jarmarku. W 1665 r. na Czerniejewo runęła szwedzka nawała, dokonując w nim ogromnych spustoszeń. Z dymem poszła większość budynków, zburzony został również zamek, istniejący tu od kilku wieków.

Odbudowa szła opornie. Szybszego tempa nabrała dopiero w XVIII stuleciu, gdy odnową miasta i jego rozwojem zajął się właściciel Czerniejewa - gen. Jan Lipski. Za jego czasów na miejscu zburzonego zamku wybudowany został monumentalny zespół pałacowy. Obok starego miasta powstała nowa osada wzdłuż szerokiej ulicy (obecnie Pałacowa), łączącej część dworską z centralnie usytuowanym kościołem. Z fundacji Lipskiego powstała w 1737 r. pierwsza szkoła publiczna w miasteczku, a kilkanaście lat później Czerniejewo przeobraziło się w znaczny ośrodek sukienniczy i szewski.

W 1793 r. Wielkopolskę zagarnęli pruscy zaborcy. Czerniejewo było w tym czasie rozwijającym się szybko miasteczkiem. Liczyło zaledwie 800 mieszkańców, zajmujących się w większości rolnictwem, ale nie brakowało w nim rękodzielników.

W 1875 r. w pobliżu Czerniejewa przeprowadzono linię kolejową łączącą Gniezno z Wrześnią.
W 1918 r. Czerniejewianie wzięli czynny udział w powstaniu wielkopolskim. W mieście sformowano dwie kompanie, uczestniczące wkrótce w walkach na froncie północnym pod Zdziechową, Rynarzewem i Łabiszynem. Poległym powstańcom miejscowe społeczeństwo wystawiło pomnik na cmentarzu.

Tragiczny był dla mieszkańców Czerniejewa okres hitlerowskiej okupacji. Już w 1939 r. wysiedlono z miasta 40 rodzin, a w następnym roku taki sam los spotkał 105 osób narodowości polskiej. Masowym deportacjom towarzyszyły zesłania do więzień i obozów koncentracyjnych. Wiele osób nigdy z nich nie powróciło. Pozostałych Polaków zapędzono do robót przymusowych i poddano eksterminacji. Wyzwolenie nadeszło 22 stycznia 1945 r. Tego dnia rozegrała się pod Czerniejewem krótka, lecz zacięta bitwa między oddziałami Armii Czerwonej i niemiecką kolumną pancerną. Wyzwolenie otworzyło nowy rozdział w dziejach Czerniejewa, zaczęła się era współczesna.